Le mode Fusion Infini est déverrouillé en terminant une partie en mode Classique avec un Pokémon fusionné dans votre équipe.

Le mode Fusion Infini est assez similaire au Mode Infini, avec quelques différences essentielles. Une fois vos starters sélectionnés, ils seront fusionnés avec des Pokémon au hasard. Chaque Pokémon que vous affronterez sera fusionné avec un autre Pokémon, y compris les boss.

Les Pointeaux ADN passent dans le tier Super Ball du Groupe d'Objets, avec un poids de 4.