융합 포켓몬을 소지한 상태로 클래식 모드를 클리어하면 스플라이스드 엔들리스 모드가 해금됩니다.

몇 가지를 제외하면 스플라이스드 엔들리스 모드의 진행 방식은 일반 엔들리스 모드와 동일합니다. 스플라이스드 엔들리스 모드에서는 스타팅 포켓몬을 고르면, 고른 포켓몬들은 게임이 시작 직후에 랜덤한 포켓몬과 융합됩니다. 이 모드에서 배틀하게 되는 다른 포켓몬도 모두 랜덤하게 융합된 포켓몬이며, 보스 역시 융합 포켓몬만 등장합니다. 융합을 해제한 포켓몬은 능력치가 절반으로 감소합니다.

유전자쐐기는 아이템 목록에서 하이퍼 등급으로 변경되며, 가중치는 4입니다.